Područje opštine Bratunac bilo je naseljeno još u praistorije o čemu svjedoče praistorijske nekropole sa humkama. Na prostoru Bratunca postoji više od 1000 stećaka na raznim lokalitetima. Pored praistorijskih nekropola sa humkama, naročito su ovdje česti spomenici iz rimskog doba. Mnoštvo nađenih fragmenata rimske dekorativne arhitekture upućuje na pretpostavku da se na prostoru današnjeg Bratunca nalazio neki rimski hram ili drugi javni objekat, te da je ovo naselje ulazilo u sastav rudarskog područja Argentarie. Na lokalitetu Gradovi, u Voljavici nađeni su i sačuvani temelji dijelova rimske građevine. Ovdje se pretpostavlja da je riječ o ostatku rimskog vojnog logora iz 1. vijeka.
Takođe, 1968. godine na području Konjević polja otkrivena je rimska grobnica sa dva dijela koja pripada početku 3. vijeka, a sadržavala je veoma bogate nalaze.
Ovo područje se po prvi put spominje pod nazivom Bratunac 1381. godine u dokumentu u kojem se navodi da je preko srednjovjekovnog naselja Crnče kod Drine vodio put iz Srbije u Bosnu (lat. Cerca pireglo de Bratunac), a zatim kao selo 1391. godine Na mjestu gdje je današnji Bratunac, u srednjem vijeku je bila carinarnica, koja je zabilježena i u starim spisima iz 1333. godine. U isto ovo vrijeme spominje se crkva-manastir sv. Marije. To je bila i crkva naseobine trgovaca Dubrovčana, koji su bili katolici u Podrinju. Oni su imali nekoliko svojih naselja na prostoru opštine Bratunac. Sveštena lica ove crkve su činili posebnu Bratovštinu po čemu je vjerovatno dato ime naselju Bratuncu. Na taj način nastao je ime Bratunac. Postoji još nekoliko teorija o nastanku imena Bratunac. Naime, prema priči starijih stanovnika opštine Bratunac, ime Bratunac je nastao tako što je neki beg, koji je bio najznačajniji u to vrijeme na tom prostoru zvao svog sestrića: „Hodi amo, dajdži moj bratunac…“, (sin od sestre-bratanac-bratunac). Prema jednoj verziji Bratunac je dobio ime po keltskom naselju Bratano, čiji su ostaci pronađeni na lokalitetu Mihajljevići nadomak Bratunca.
Bratunac kao zasebno naselje je staro nešto manje od 150 godina. Prostor Bratunca, odnosno grada Bratunca zasnovan je 1898. godine kada je na ovom području bilo samo pet kuća sa tridesetak stanovnika. Među prvim stanovnicima naselja Bratunac bio je Vuk Živanović, svještenik Srboljub Blažić, Vaso Popović i dr. U ovom razdoblju takođe je postojao begov han, begov čardak, i stara džamija te je kao handžija radio Bahrija Jelkić. Na prostoru gdje je sada smještena banka je bio „Begov čardak“, a pored njega je bila i prva obrazovna ustanova, osnovna škola. To je bila osnovna škola koja je tada pripadala selu Suha, napravljena 1888. godine. Kao prvi učitelj u njoj spominje se učitelj s prezimenom Lazić.
U ovom periodu Bratunac nije bio ni politička ni katastarska opština, nego je bio samo zaselak sela Suha, a katastarski je pripadao još selima Repovac i Podčauš. Početak organizovanog otkupa duvana u Bratuncu 1886. godine označava početak ekonomskog razvoja, čemu je doprinijela i izgradnja objekta za otkup i sezonsku prijeradu duvana 1911. godine.
Izgradnja mosta na rijeci Drini 1926. godine od kapitalnog je značaja kao nagovještaj nove epohe za grad Bratunac i njegovu okolinu.
Tek 1927. godine, 30. septembra, Bratunac dobija status opštine i biva uvršten u spisak mjesta koja treba proglasiti za varošice. Sakralni objekti na području opštine pripadaju novijoj istoriji i to su, uglavnom, vjerski objekti pravoslavne i islamske vjerske zajednice. Danas se dan opštine slavi 25. septembra, iako to nije dan osnivanja opštine.
U centru grada, okružen parkom, nalazi se spomenik žrtvama narodnooslobodilačkog rata 1941—1945, podignut 1978. godine.
Autentični odlomci iz starih spisa, Zorničkog sandžaka od 1519—1533: Bratunac se spominje se u dve nahije, koja je prava ne može se sa sigurnošću znati.
Nahija Budimir 1519, 1533, 1548, selo Bratina, Vjerovatno se odnosi na Bratunac, jer nijedno drugo selo pod tima nazivom (Bratunac) nije zabilježeno u 16 vijeku u okviru Nahije Budimir
Nahija Srebrenica Bratova (Bratovo) takođe se možda odnosi na današnji Bratunac: „1548. godine zabilježena je jedna baština koja je bila u posjedu popova iz crkve Sv. Marije iz Srebrenice“.
Raspad Jugoslavije
Za vrijeme raspada Jugoslavije i rata u BiH u Bratuncu i okolini je pobijeno mnogo Srba od strane muslimanskih snaga. Među brojnim zločinima ističu se oni počinjeni u selima Kravica, Bjelovac, Sikirić, Zalazje, Ježeštica, Šiljkovići, Fakovići itd. Tom prilikom izmasakriran je veliki broj nenaoružanih srpskih civila, a zločin su počinili srebrenički Muslimani, dugogodišnje komšije istih tih pobijenih Srba, pod vođstvom Nasera Orića. Na teritoriji opštine Bratunac za vrijeme rata u periodu od 1992. do 1995. ukupno je poginulo 3.624 osobe srpske nacionalnosti.